Programska struktura CEES-a sastoji se od 7 programa i povezanih oblasti:
Postizanje ciljeva održivog razvoja (SDGs)
Ekonomske reforme, posebno u oblastima javnih politika, kao što su efikasnost javne uprave, tržište rada, preduzetništvo, ljudski kapital (obrazovanje, zdravstvo i socijalna zaštita), fiskalna politika, finansiranje lokalne samouprave i preduzeća u državnom vlasništvu
Evropske integracije Crne Gore i regionalna saradnja
Otpornost, inkluzivnost i konkurentnost privrede i unapređenje poslovnog okruženja
Digitalna i zelena tranzicija i unapređenje institucionalnog okvira
